Con cái của các cặp bố mẹ có quan hệ sinh học có thể chịu tác động của giao phối cận huyết. Những đứa con như vậy có khả năng bị dị tật bẩm sinh cao hơn (xem Hệ số quan hệ) vì nó làm tăng tỷ lệ hợp tử đồng hợp tử đối với các alen lặn có hại sinh ra các rối loạn này [118] (xem Bệnh trầm cảm cận huyết). Bởi vì hầu hết các alen như vậy rất hiếm trong quần thể, không chắc rằng hai người kết hôn không có quan hệ huyết thống đều là người mang gen dị hợp tử. Tuy nhiên, bởi vì những người họ hàng gần có chung một phần lớn các alen của họ, xác suất để bất kỳ alen nào hiếm gặp như vậy có mặt trong tổ tiên chung sẽ được thừa hưởng từ cả bố và mẹ có liên quan sẽ tăng lên đáng kể so với các cặp vợ chồng không lai. Trái với suy nghĩ thông thường, giao phối cận huyết không làm thay đổi tần số alen mà ngược lại, làm tăng tỷ lệ tương đối giữa các thể đồng hợp tử với dị hợp tử. Điều này có hai tác động trái ngược nhau.[119]

• Trong ngắn hạn, bởi vì loạn luân sinh sản tăng zygosity, alen lặn có hại sẽ thể hiện bản thân thường xuyên hơn, dẫn đến sự gia tăng sẩy thai của hợp tử, tử vong chu sinh, và con cái sau khi sinh với dị tật bẩm sinh.
• Tuy nhiên, về lâu dài, do sự tiếp xúc của các alen lặn có hại đối với chọn lọc tự nhiên ngày càng nhiều, tần số của chúng giảm nhanh hơn trong quần thể cận huyết, dẫn đến một quần thể "khỏe mạnh hơn" (với ít alen lặn có hại hơn).

Hai người có quan hệ họ hàng càng gần thì hợp tử càng cao và do đó cái giá sinh học phải trả của giao phối cận huyết càng nghiêm trọng. Thực tế này có thể giải thích tại sao giao phối cận huyết giữa những người họ hàng gần, chẳng hạn như anh chị em ruột, ít phổ biến hơn giao phối cận huyết giữa anh em họ.[120]

Ngoài ra còn có thể có những ảnh hưởng có hại khác ngoài những ảnh hưởng do bệnh lặn. Do đó, các hệ thống miễn dịch tương tự có thể dễ bị các bệnh truyền nhiễm hơn (xem Phức hợp tương hợp mô chính và lựa chọn giới tính).[121]

Một nghiên cứu năm 1994 cho thấy tỷ lệ tử vong dư thừa trung bình khi giao phối cận huyết giữa những người anh em họ đầu tiên là 4,4%.[122] Con cái của các công đoàn cha mẹ - con cái hoặc anh chị em ruột có nguy cơ cao hơn so với các công đoàn anh chị em họ. Các nghiên cứu cho rằng 20-36% những đứa trẻ này sẽ chết hoặc bị tàn tật nặng do giao phối cận huyết. [32] Một nghiên cứu trên 29 con cái do loạn luân giữa anh trai-em gái hoặc cha-con gái cho thấy 20 đứa con sinh ra có bất thường bẩm sinh, trong đó có bốn con do nguyên nhân trực tiếp của alen lặn trên NST thường.[123]